بخش  نانو بیوتکنولوژی (پایلوت بیوتکنولوژی سابق) انستیتو پاستور ایران در سال 1375 تاسیس و فعالیت خود را آغاز کرد. از اهداف اصلی این بخش، هدایت و اجرای پروژه های تحقیقاتی و تولید محصولات بیولوژیک در مقیاس آزمایشگاهی و نیمه صنعتی (پایلوت) و در نهایت انتقال تکنولوژی پروژه های نیمه صنعتی (پایلوت) به صنعت و تولید در مقیاس انبوه می باشد. این بخش تلاش می کند تا تحقیقات انجام شده در راستای نیازهای انستیتو و جامعه بوده و نیز پروژه های مشترکی را با سایر مراکز تحقیقاتی به انجام رساند.

در حقیقت، هدف اصلی این بخش اجرای تحقیقات پایه، اساسی و کاربردی در زمینه آماده سازی، تولید و بهینه سازی کیفی و کمی محصولات بیولوژیک و همکاری در جهت هدایت پایان نامه های دانشجوئی ( دانشجویان انستیتو پاستور ایران و سایر مراکز تحقیقاتی و دانشگاهی) می باشد.

از بدو تاسیس تا کنون، این بخش پیشرفت و توسعه چشمگیر و سریعی در ارتباط با انجام فعالیت ها و پروژه های تحقیقاتی، تجهیزات و امکانات داشته است.

این بخش عضو شبکه آزمایشگاهی فناوری های راهبردی معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری، می باشد.